隐藻门是一大类的藻类，大都具有色素体，淡水中常见。细胞大小约为10-50 μm，形状扁平，有两个稍微不等长的鞭毛。一个著名特征是能寄生于红藻中，形成一种内共生关系，并把藻胆素带给宿主。由A． Pascher于1914年所设立的甲藻门（Pyrrophyta）中，依类囊体结构的不同和藻胆素的有无等而趋向于分为二个独立的门，即甲藻门和隐藻门。隐藻门有24属100种左右，少数是单细胞，带有二条鞭毛（葺鞭型、片羽型各一条），具有由四重套膜所包裹的二层类囊体。它们所含的藻胆素为藻蓝素和藻红素，这二种色素与光化学系统Ⅱ有关，与甲藻门的色素有很大的差别。作为藻绛素，含有藻青素、藻红蛋白、别蓝藻素，其作为光合作用的主要光捕捉色素而起作用，与涡鞭植物有很大的差异。
形态特征
隐藻为单细胞，前端较宽，钝圆或斜向平截；多数种类具有鞭毛，能运动。
形态结构
体制： 隐藻为单细胞，细胞长椭圆形或卵形。
细胞结构： 前端较宽，钝圆或斜向平截。有背腹之分，侧面观背面隆起，腹面平直或凹入。前端偏于一侧具有向后延伸的纵沟，有的种类具有1条口沟，自前端向后延伸，纵沟或口沟两侧常具有多个棒状的刺丝泡。鞭毛2条，略等长，自腹侧前端伸出或生于侧面。
细胞壁： 种类细胞不具纤维素细胞壁，细胞外有一层周质体，柔软或坚固。多数种类具有鞭毛，能运动。
色素和色素体： 隐藻的光合作用色素有叶绿素a、c，β-胡萝卜素等。还有藻胆素。色素体1－2个、大形叶状。隐藻的颜色变化较大。多为黄绿色，黄褐色，也有蓝绿色、绿色或红色的。
繁殖方法
隐藻的生殖多为细胞纵分裂，不具鞭毛的种类产生游动孢子，有些种类产生厚壁的休眠孢子。
分类概述
此门仅1纲，隐藻纲，分5科。我国记载仅1科。
隐鞭藻科：单细胞，细胞不对称，有背腹之分，具2条鞭毛，多数种类具色素体，少数无。具纵沟和口沟，刺丝泡位口沟处或细胞周边。
分布范围
隐藻门植物种类不多，但分布很广，淡水、海水均有分布，隐藻对温度、光照适应性极强，无论夏季和冬季冰下水体均可形成优势种群。隐藻属、红胞藻属、半胞藻属等在沿岸水域常见，尖隐藻C. acatg等隐藻属的一些种类，在沿岸水域的微型浮游生物中更常见。沼盐隐藻是广盐性种类，既能生活海湾，河口低盐水域，也能忍受盐沼池的高盐水。
主要价值
隐藻在海洋浮游生物群落中占有一定地位。隐藻喜生于有机物和氮丰富的水体，是我国传统高产肥水鱼池中极为常见的鞭毛藻类，有隐藻水华的鱼池，白鲢生长好，快，产量高，隐藻是水肥、水活、好水的标志。
